​Cystatin C er en nyrefunksjonsmarkør som i motsetning til kreatinin påvirkes lite av høyde, vekt, muskelmasse og diett. Dette gjør at den er bedre egnet for vurdering av nyrefunksjon hos personer med liten eller stor muskelmasse og anbefales som førstevalg hos slike pasienter. GFR kan reduseres 30-40 % uten at kreatinin stiger, mens cystatin C påvirkes tidligere, og estimering av GFR (eGFR) basert på cystatin C kan derfor avsløre nedsatt nyrefunksjon tidligere enn basert på kreatinin.

Blant annet hos eldre med lav muskelmasse og hos barn vil cystatin C ofte gi en riktigere vurdering av nyrefunksjonen enn kreatinin.  Laboratoriet vil automatisk beregne eGFR basert på cystatin C hos pasienter ≥ 17 år når cystatin C er bestilt. 

Ved ubehandlet hypo- og hypertyreose,  bruk av høye doser glukokortikoider, enkelte kreftformer og graviditet er cystatin C mindre egnet som nyrefunksjonsmarkør.